Laboratorium di Universitas Muhammadiyah Semarang merupakan fasilitas pendukung utama yang disiapkan semaksimal mungkin sebagai sarana praktik mahasiswa setiap program studi. Laboratorium pada umumnya dikelola oleh program studi masing-masing. Laboratorium di prodi memiliki jenis masing-masing sesuai dengan fungsi praktikum yang dijalankan pada prodi tertentu. Namun, ada beberapa laboratorium yang dapat dipakai oleh beberapa prodi sekaligus, misalnya laboratorium komputer dan multimedia yang dikelola secara langsung oleh UPT TIK. Secara umum laboratorium yang ada di Universitas Muhammadiyah Semarang adalah:
- Laboratorium Komputer
Unimus memiliki laboratorium komputer sebanyak 9 laboratorium yang berada di Kampus 1 Kedungmundu. Total terdapat 695 komputer yang digunakan untuk kegiatan perkuliahan maupun ujian berbasis komputer. Unimus juga menjadi salah satu tempat pelaksanaan untuk Ujian Kompetensi Mahasiswa Bidang Kesehatan tingkat nasional dibawah Kementrian Pedidikan dan Kebudayaan maupun pelaksanaan tryout tingkat nasional maupun regional dari Organisasi Profesi.Laboratorium Komputer CBT GKB 1Laboratorium Komputer CBT GKB 2Laboratorium Bahasa - Laboratorium Program Studi
- Lab Mikrobiologi
- Lab Bio Molekuler
- Lab Patologi Klinik
- Lab Analisis Zat Gizi
- Lab Dietetik dan Kuliner Gizi
- Lab Kebugaran Gizi
- Lab Pengolahan Pangan Gizi
- Lab jiwa dan ruang konseling
- Laboratorium Penelitian dan Hewan Coba
Laboratorium Penelitian dan Hewan Coba merupakan fasilitas akademik milik Universitas Muhammadiyah Semarang yang dimanfaatkan oleh mahasiswa dan atau dosen untuk kegiatan penelitian. Labolatorium tersebut juga dapat dimanfaatkan oleh penelitian dari luar Unimus. Ada beberapa fasilitas yang disediakan seperti ruang kandang pemeliharaan/pengembangan hewan coba, ruang pembuatan pakan, dan ruang operasi.
- Laboratorium Komputer